剥壳与仁壳分离工艺的选择，对仁壳分离效果产生重要的影响。选择合理的、完善的剥壳以及仁壳分离工艺才能取得好的仁壳分离效果。仁壳分离工艺应该根据油料籽的品种、剥壳设备型式、剥壳混合物的性质、油厂生产规模、设备投资、动力消耗等多方面的因素进行选取。
油料籽品种不同，剥壳后混合物的散落性不同以及仁壳之间的附着情况不同，分离工艺也是各有特点。比如，花生仁壳分离较棉籽仁壳分离容易，因此花生剥壳和仁壳分离工艺就较为简单，而棉籽剥壳后的仁壳分离工艺就较为复杂。分离工艺的选择还要考虑剥壳设备的型式。
剥壳设备的型式不同，剥壳后混合物的粒度组成和粉碎度就不同，分离工艺也有差别。比如采用圆盘剥壳机对棉籽剥壳，剥壳后混合物的粉末度大，但是剥壳率高，漏籽很少，分离工艺主要应该考虑强化对碎仁与碎壳的分离。若采用刀板剥壳机对棉籽剥壳。
剥壳后的整仁率比较高，混合物的粉碎度小，但是漏籽较多，因此分离工艺必须考虑对壳中未剥开整籽的分离，将未剥开整籽进行回收重剥。小型油厂常采用较为简单的剥壳分离工艺，而大型油厂应该选用较为完善的循环剥壳或者两次剥壳工艺。
